Marc Marquez meraih pole position sirkuit Brno Ceko 2016 dengan mencatatkan waktu tercepat 1’54.596 (309.8 km/j) mengalahkan saingannya dari tim Yamaha Movistar Jorge Lorenzo yang hanya terpaut 0.253 detik dibelakang Marquez, dengan hasil ini Marquez telah 5 kali meraih pole position pada musim 2016 ini.
Lorenzo sebelumnya telah memecahkan rekor pole position yang dibuat olehnya pada tahun 2015, tetapi Marquez berhasil berhasil mencatatkan waktu terbaik melebihi Lorenzo pada usaha terakhirnya di Brno.
Sementara posisi ketiga diraih oleh pembalap dari tim Ducati Andrea Ianone, Aleix Espagaro menempati posisi ke 4 diikuti oleh Hector Barbera.
Valentino Rossi harus puas berada diposisi ke 6 dengan catatan waktu 1’55.509, Andrea Dovizioso dan Maverick Vinales secara berurutan berada di posisi 7 dan 8,
Dani Pedrosa dan Cal Crutchlow melengkapi grid 10 besar pembalap pertama pada balapan sirkuit Brno pada esok hari yang akan di gelar jam 19:00 WIB (14:00 waktu Brno).
Berikut hasil lengkap kualifikasi sirkuit Brno Ceko 2016 :
| Pos. | Pembalap | Team | Waktu | Laps |
|---|---|---|---|---|
| 1. | M. Marquez | Repsol Honda | 01:54.596 | 7 |
| 2. | J. Lorenzo | Yamaha | 01:54.849 | 7 |
| 3. | A. Iannone | Ducati | 01:55.227 | 7 |
| 4. | A. Espargaro | Suzuki | 01:55.324 | 7 |
| 5. | H. Barbera | Avintia | 01:55.437 | 7 |
| 6. | V. Rossi | Yamaha | 01:55.509 | 7 |
| 7. | A. Dovizioso | Ducati | 01:55.748 | 6 |
| 8. | M. Vinales | Suzuki | 01:55.787 | 6 |
| 9. | D. Pedrosa | Repsol Honda | 01:55.841 | 7 |
| 10. | C. Crutchlow | LCR | 01:55.930 | 7 |
| 11. | B. Smith | Tech 3 | 01:56.115 | 7 |
| 12. | P. Espargaro | Tech 3 | 01:56.522 | 7 |